Компания Микробиом создана в 2018 году с участием ФГБНУ «Институт экспериментальной медицины». В основу создания компании легли исследования, проведённые в ИЭМ. Основой задачей компании является проведение комплекса диагностических исследований и мероприятий, направленных на восстановление индивидуальной микробиоты людей.